RESOURCES
视频与资源清单
按投入产出比排序,不是按数量堆。如果只看一条,看 Veritasium 那条 AlphaFold。
关于这份清单的一句实话
下面每条视频的标题、时长、发布者都逐条核对过,
数据库入口是机构官方域名。
但链接会失效,视频会被下架。如果你发现某条打不开了,
提个 issue,
我会替换掉——而不是留着一句「全部实测存活」当摆设。
如果只看一条
AlphaFold — The Most Useful Thing AI Has Ever Done
YouTube · Veritasium · 英文,可开自动中文字幕
整个课程如果你只看一个视频,就看这条。 顶级科普频道,完全面向外行,把「为什么结构预测是件大事」讲得比任何文字都清楚。 配套 S5。
整个课程如果你只看一个视频,就看这条。 顶级科普频道,完全面向外行,把「为什么结构预测是件大事」讲得比任何文字都清楚。 配套 S5。
按课程章节配套
S1 · 分子的数据类型
【3D 演示】抗体的结构和应用
B 站 · 19:07 · 中文字幕 —— 看完这条你就能看懂任何抗体示意图。
Day 1 最值得看的一条。配套 S1.2
【免疫三分钟】可变区/高变区/骨架区有什么不同
B 站 · 3:50 · 专治这个三层嵌套的糊涂点。配套 S1.4
S2 · 结合与亲和力
Kd, the Dissociation Constant: What is it?
YouTube · Catalyst University · 英文 · 专讲 KD 一个概念,不发散。
配套 S2.2
S3 · 格式与标识符
Antibody Numbering Schemes
YouTube · NaturalAntibody · 5:56 · 英文 ·
全网几乎唯一专讲这个话题的视频,冷门但极对口。
配套 S3.2
S5 · AI 在做什么
AI 製藥的護城河:不是大模型,而是「定制化模型」
YouTube · 制藥漫談 · 中文 · 和 S5.3
那张对比表互为印证,是谈这件事时的话术素材。
数据库与工具(都是机构官方入口)
| 入口 | 是什么 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| UniProt | 蛋白序列与注释的权威库,登录号的来源 | 靶点归一化;查一个登录号到底是什么蛋白 |
| HGNC | 人类基因命名委员会 | 交叉源验证——它和 UniProt 相互独立 |
| RCSB PDB | 蛋白质三维结构公共库 | 核对一个 PDB 号;在浏览器里转结构看表位 |
| SAbDab | 牛津 OPIG 维护的抗体结构策展库 | 找抗体-抗原复合物结构;看策展库怎么标注链 |
| IEDB | 免疫表位数据库 | 查已知表位;理解表位数据的形态 |
| ANARCI | 抗体编号工具(开源) | 给序列编号;复核你自己的 CDR 切法 |
| AlphaFold DB | AlphaFold 预测结构的公开数据库 | 直观感受预测结构长什么样、置信度怎么标 |
用之前先看条款:公开可访问不等于可商用。
不同库对再分发和商业用途的规定差别很大,有些要求署名,有些区分学术与商业。
这正是 S8 第 10 问要你问别人的那件事——
对自己也一样适用。
两个不用装任何东西的练手方式
① 在浏览器里转一个真实复合物
打开 rcsb.org/3d-view/5B8C, 用鼠标转一转,找到抗体尖端贴在 PD-1 上的地方。那里就是表位和互补位。 两分钟,比读十页文字管用。
② 用 REST API 查一个登录号
$ curl -s https://rest.uniprot.org/uniprotkb/Q15116.json | head -40 $ curl -s https://rest.genenames.org/fetch/symbol/PDCD1 -H "Accept: application/json"
两个都是公开只读 API,不需要 key。 跑一遍你就知道「交叉源验证」在工程上具体是什么动作了—— 就是这两条命令,然后比对结果。